Salah satu produk fermentasi yang banyak dikenal oleh masyarakat Indonesia yaitu Tempe. Tempe di Indonesia beragam jenisnya, namun yang paling dikenal yaitu Tempe berbahan dasar kacang kedelai. Untuk menghasilkan tempe yang berkualitas tentunya harus melalui beberapa proses atau tahapan pembuatan. Menurut sumber yang sudah berpengalaman, proses pembuatan tempe yang paling mendasar dan harus diperhatikan yaitu proses pencucian dan pembersihan kacang kedelai. Sebelum direbus, kacang kedelai dibersihkan dari kotoran, kerikil, dedauan, dan lainnya yang nantinya akan mengurangi hasil akhir tempe yang sudah jadi, biasanya proses ini dilakukan dengan mengayak kacang kedelai. Hal yang tak boleh dilupakan juga yaitu air, wadah, tempat yang digunakan dalam proses pembuatan tempe haruslah dijaga kebersihannya. Air yang digunakan ketika mencuci kedelai diusahakan merupakan air mengalir, wadah dan tempat yang digunakan untuk menampung kedelai juga harus bersih bebas dari kontaminasi garam, sabun, minyak, dll. Proses selanjutnya yang berpengaruh terhadap hasil akhir olahan tempe adalah proses pemisahan dan pengupasan kedelai dari kulitnya. Proses ini dilanjutkan dengan pencucian yang bertujuan memastikan kulit kedelai yang sudah direbus terlebih dahulu tersebut benar-benar terpisah dari biji kedelai. Proses tersebut harus dilakukan dengan baik karena jika kulit kedelai yang terkelupas ikut menjadi tempe maka akan mempengaruhi tekstur tempe yang dihasilkan. Selain kulitnya, ketika pencucian juga harus dipastikan bagian kedelai penyebab rasa pahit tempe (mata kedelai) hilang dimana dapat dilakukan dengan manual yaitu dengan mengaduk-aduk biji kedelai yang telah terkelupas kulitnya didalam air sambil diperas sehingga secara otomatis bagian penyebab pahit tersebut akan terlepas dengan sendirinya dan selanjutnya diambil dengan ayakan. Kemudian, proses penirisan dan pengeringan kedelai (yang telah dicuci dan direbus) harus dilakukan hingga kedelai benar-benar kering. Jika kedelai belum benar-benar kering apalagi masih panas dan sudah diragi (dicampur dengan ragi) maka tempe yang dihasilkan tidak akan menyatu (kompak) dengan baik karena Rhyzopus oryzaenya menjadi inaktif dan tidak berkembang sehingga tempe mudah buyar dan biasanya tempe dianggap tidak jadi. Proses pengemasan tempe juga perlu diperhatikan, jika menggunakan plastik maka plastik sebaiknya dilubangi terlebih dahulu agar udara dalam kemasan bisa keluar karena jika udara dalam kemasan tidak dapat keluar maka tempe bisa jadi berkeringat, tidak ditumbuhi jamur, berbau menyengat, dan akhirnya busuk sehingga tempe yang dihasilkan gagal. Proses pemeraman kedelai menjadi tempe juga harus dijaga suhunya agar Rhyzopus oryzae dapat berkembang secara maksimal, apabila suhu terlalu dingin maka Rhyzopus tidak dapat berkembang sehingga kedelai dapat ditutupi dengan misal kain atau serbet untuk menghangatkannya dengan harapan jamur tersebut dapat berkembang dan dihasilkan tempe.